Turci su ovim krajem vodili neku lepu Srpkinju da je udaju za nekog agu. Zastali su kraj jednog izvora da odmore, devojka je videvši svoj odraz u vodi sama sebi rekla „Lepa ja, jadna ja“.

Ne želevši da uda za Turčina nagrdila je svoje lice tu kod izvora, a njeni pratioci su je zbog toga ubili. Tako je po njenim rečima „Lepa ja“, nastalo ime sela Lepaja kod Niša.

Prvi stanovnici sela pretežno su se bavili ovčarstvom, neki su imali i stada od stotinak ovaca. Ovčarstvo je naglo zamrlo nakon Drugog svetskog rata, a stanovništvo se počelo baviti vinogradarstvom i kasnije voćarstvom, odnosno pretežno gajenjem „Oblačinske višnje“.

U selu je nekada bilo puno kalemara, kovača potkivača i stolara, a današnje stanovništvo uglavnom radi u fabrikama i obrađuje zemlju za sopstvene potrebe.

Na Lepajskoj reci postojale su tri vodenice sa po jednim kamenom i mogle su da melju samo u vreme većeg vodostaja. Vlasnici vodenica su bili Pešići iznad sela, Ilići u sred sela i Stojkovoći ispod sela. Do pre skoro 30 godina postojao je i mlin u Lepaji , koji je radio u sastavu oblačinske zadruge.

Na mestu današnje crkve Svetog Simona Monaha postojala je neka bogomolja još iz perioda pre Turaka, pa se veruje da je ovde bilo naselje možda još u antičkom dobu.

Izgradnja današnje crkve započeta je 1989. godine, a završena je pre par godina. U sklopu crkve podignut je i zvonik. Na bregu pored crkve nalazi se spomenik borcima palim u balkanskim ratovima, Prvom i Drugom svetskom ratu. Na četvrtoj, južnoj, strani spomenika uklesan je tekst koji govori o bugarskom zlodelu 1943. godine. Bugari su te godine zapalili školu i stotinak kuća.

U ovom selu pre rata učitelj je bio narodni heroj Nikodije Stojanović Tatko. Danas u selu postoji četvorogodišnja škola.